El hipopótamo enano o pigmeo vive en la húmeda selva ecuatorial africana, donde abundan los terrenos pantanosos, lagunas, cenagales y cursos de agua.

No forman grupos, sino que se desplazan por las selvas aislados o en parejas. En la época de sequía se refugian en las cuevas de las orillas de los ríos.

No se trata de animales territoriales; cuando se encuentran dos machos simplemente se ignoran. Para protegerse no lo hacen en el agua, sino que se esconden en la penumbra de los sotobosques. Las madres protegen a sus crías durante los primeros días de su vida dentro del agua.

Cuando el primer espécimen de hipopótamo pigmeo fue descrito como una especie, muchos científicos pensaron que era un hipopótamo común juvenil o atrofiado. La existencia de esta especie no se confirmó científicamente hasta 1911.

Se encuentra en grave peligro de extinción debido al creciente desarrollo de la agricultura, que va destruyendo la selva donde habita; y a su caza por parte de las poblaciones indígenas, ya que su carne es muy apreciada.